保存時の画像フォーマットは汎用性の高いgif形式です。透過gif対応ですので、「Webページなどの背景に近い色」で指定した色は透過（透明の）色になります。透明になるなら指定しなくてもいいように思えますが、描いた画像と背景を微妙に融合させていますので配置させる色合いにできるだけ近いほうが輪郭がきれいに仕上がるのです。